Nature子刊：中科院微生物所刘双江等首次建立小鼠肠道微生物生物库（mGMB）

来源：iNature

肠道微生物（GM）是寄主中最复杂的生态系统，对人体健康至关重要，当它变成营养不良时会导致疾病。卫生保健和生活管理需要了解与人体相关的微生物组。出于道德和安全考虑，必须使用动物模型进行许多人类与基因改造相互作用的实验研究。作为一种常用的模型系统，实验小鼠已成为转基因研究的主体。科学家已经开发出无细菌，ASF（改变的舍德勒菌群），HFA（与人类菌群相关），转基因和可诱发疾病的小鼠模型。一个例子是ob / ob小鼠（也称为Lepob / ob和瘦蛋白缺陷型小鼠），该模型用于研究GM与代谢性疾病（如代谢综合征，肥胖症和糖尿病）之间的相互作用。迄今为止，对小鼠GM的了解非常有限。

2020年1月7日，中科院微生物所刘双江等在Nature Communications上发表题为“The Mouse Gut Microbial Biobank expands thecoverage of cultured bacteria”的文章，该研究首次构建了小鼠肠道微生物生物库（mGMB）。

第一个小鼠肠道细菌收集物（miBC）包含76种培养的细菌种类。mGMB的构建通过将物种数从76种增加到180种，将属数从48种增加到110种，极大地扩展了培养的小鼠肠道微生物库。mGMB和miBC重叠由22种细菌组成。仅构建的mGMB贡献了104个独特物种，包括77个新物种和43个新属。

miBC work12中使用的93个样品的16S rRNA基因扩增子的总读数的18.63level±1.55％（平均值±±SEM）在种水平（16S rRNA基因同一性> 97）％），而126种mGMB占总读取量的42.20％±1.29％。两个集合共有16.11％±1.58％的读数。这两个集合在物种水平上共同覆盖了总读数的44.29％±1.40％，分别占miBC和mGMB独家贡献的读数的2.27％±0.47％和25.92％±1.12％。

小鼠被广泛用作肠道微生物组（GM）研究的实验模型，但大多数小鼠GM成员仍未鉴定。该研究报告的小鼠肠道微生物生物库（mGMB）的构建包含126种，由244株菌株代表，这些菌株已保存在中国通用微生物培养物保藏中心。对77种潜在的新物种进行测序和表型鉴定，并提出其命名法。mGMB包括22和17个物种，分别在ob / ob和野生型C57BL / 6J小鼠盲肠样品中显着富集。

mGMB中126个物种的基因组覆盖了宏基因组学非冗余基因目录的52％（序列同一性≥60％），并代表了采样的小鼠GM的KEGG-Orthology注释功能的93-95％。在mGMB中收集的微生物和基因组数据扩大了小鼠GM的分类学特征，并为研究宿主与微生物的相互作用以及与宿主健康和疾病相关的GM功能提供了有用的资源。

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-019-13836-5