P53大数据分析：超10000例癌症分析带来新见解

来源：生物通

Baylor医学院的研究人员对TP53突变进行了迄今为止最全面的研究，以更好地了解导致这一重要基因失活的过程。

作为最著名的肿瘤抑制因子之一，TP53是癌症中研究最广泛的基因之一。它可以感知细胞应激或损伤并进行响应——阻止细胞分裂或引发细胞死亡，从而防止受损细胞繁殖。该基因的突变会导致机体失去一个关键的细胞失效安全机制，通常成为导致癌症的一个步骤。Baylor医学院的研究人员对TP53突变进行了迄今为止最全面的研究，以更好地了解导致这一重要基因失活的过程。他们的研究结果发表在Cell Reports杂志上，揭示了基因如何变异以及这些突变如何有助于预测临床前景。

由Baylor医学院分子病毒学和微生物学教授Larry Donehower博士领导的研究小组研究了来自癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas）中的32种不同癌症的10,225例患者样本，并将其与另一个数据库中由Sorbonne大学分子生物学教授Thierry Soussi博士历经几十年来收集到的80,000个突变进行了比较。在分析了这些大数据样本后，他们对TP53基因突变如何影响癌症有了更透彻的了解。 

研究小组发现，在所研究的所有癌症类型中，TP53突变在存活率不良的患者中更为常见。但他们也确定了一种能更准确地预测预后的方法。Donehower说他在突变TP53肿瘤中鉴别出了四个上调基因，其表达与患者预后相关。 

Baylor医学院的Dan L Duncan癌症中心成员Donehower表示，“如果患者的这四种基因出现高表达，更有可能预后不良”。 “相反，如果患者的这四个基因表达非常低，他很可能会存活更长时间并且预后良好。这方法会让你更好地了解他的病情将如何进展，而不仅仅是知道他是否是TP53的突变体。 “。 

在染色体水平，研究小组发现了显著的TP53基因丢失模式。“在一些癌症基因中，你会看到这两个基因中的一个拷贝丢失或突变，”Donehower说。 “全部癌症病例中，超过91％的癌症中两个TP53基因都失去了，而不只是一个。” 

第二个基因丢失可能由于突变，染色体缺失或基因复制而发生的。根据Donehower的说法，基因复制的发生率比以前认为的要高得多。 

该研究还表明，TP53突变与基因组不稳定性密切相关，这表明该基因的正常蛋白在监控染色体完整性中的作用。在大多数TP53突变体肿瘤中，其他肿瘤抑制基因也被删除，而促进癌症发展的癌基因被扩增。 

虽然已对TP53进行了大量研究，但这是首次使用五种不同的数据收集方法，检查如此大量的肿瘤和癌症类型。 Donehower说，这项研究的大规模使得他的团队能够注意到那些在较小样本研究中可能不明显的模式和相关性。 

“大多数关于TP53的研究都集中在一种癌症类型上，”Donehower说。 “看看32种不同的癌症类型，你会发现无论癌症类型如何，某些模式都会持续存在。”

Baylor医学院Lester和Sue Smith乳腺中心的研究作者和癌症基因组学主任David Wheeler博士说，这项研究的结果可能为治疗受这个基因丢失而影响的那些癌症开辟新途径。 

“由于TP53是癌症预防中最重要的守门人之一，我们越了解这种基因，我们就能更好地了解癌症的基本生物学。这将导致更好的治疗方法，”Wheeler说，他是人类基因组测序中心和Baylor的Dan L Duncan综合癌症中心的成员。