一种既增加保真性又提高了靶标位点编辑活性的 SpCas 9 突变体

植物科学最前沿  |   2020-03-13 09:08

来源:植物科学最前沿

原标题:Nat. Commun. :一种既增加保真性又提高了靶标位点编辑活性的 SpCas 9 突变体

化脓性链球菌Cas9 (SpCas9)核酸酶与II型CRISPR系统中引导RNA在基因编辑领域发挥出的作用证明了其在基因组工程中的应用价值。但该系统存在的脱靶现象限制了其在高特异性至关重要的领域中的应用。进一步研究的重点是扩宽目标位点选择范围及减少脱靶活性来增加其应用潜力。eSpCas9, SpCas9-HF1,和 HypaSpCas9突变体的开发应用拓宽了基因编辑位点的选择范围,但部分需要使用SpCas9切割的目标位点区域这些突变核酸酶不能很好发挥切割作用。大多数增加保真性的核酸酶通常只能与完全匹配的20个核苷酸间隔序列(20G-sgRNAs)一起发挥作用,因此缺乏合适的靶点也是应用中一个普遍存在的问题。

近日,Nature Communications在线发表了匈牙利科学院自然科学研究中心酶学研究所题为‘Blackjack mutations improve the on-target activities of increased fidelity variants of SpCas9 with 5′G-extended sgRNAs’的研究论文。21G-sgRNAs 的SpCas9核酸酶突变体增加了保真性进一步增强基因编辑的特异性。

5′端延长的sgRNA可影响e-, -HF1, Hypa-, evo-, and HeFSpCas9的保真性的活性,研究人员认为这可能是Glu1007和Tyr1013对sgRNA的5个末端进行覆盖造成的,预计可以通过突变去除覆盖将为sgRNA的5‘端延伸,而不会与多肽链发生冲突,并且可以在不破坏折叠蛋白结构特征的情况下实现,这样的修饰可以将目标空间扩展到非20 个核苷酸长度的目标序列而不会丢失保真性。研究人员提出通过产生突变体干扰蛋白质与5′端RNA的相互作用可以提高核酸酶的保真性。研究人员从高保真核酸酶中选择SpCas9-HF1作为起始平台,通过用甘氨酸取代Glu1007和Tyr1013来产生突变体,并且创造了两个缺失突变体。测试中两个含有缺失的突变体在21G-sgRNAs具有活性,进一步创造16个缺失突变体进行测试,筛选到最佳候选体命名为Blackjack-SpCas9-HF1 (B-SpCas9-HF1),其氨基酸L1004和K1014之间仅含有两个甘氨酸残基。Blackjack突变使对21G-sgRNAs突变的靶标活性增加了17倍,增加了对靶点的选择。
为进一步研究Blackjack突变引起的目标选择性增加是否也会增加保真度,研究人员用144个sgRNAs对50个目标序列进行检测发现21G-sgRNAs突变增加了所有SpCas9突变体的保真性。为了获得更完整的目标覆盖率并测试研究结论,研究人员创建与eSpCas9和SpCas9-HF1具有相同保真性和目标选择性的Blackjack变体。

本研究中开发的21G-sgRNAs核酸酶中,有三种突变体可以得到普遍应用, eSpCas9-plus、SpCas9- hf1 -plus和BSpCas9分别是eSpCas9,SpCas-HF1,和WTSpCas9的优越突变体。三种突变体提供了更高的保真性编辑能力,目标活性也没有检测到任何程度的下降,并且当20G-sgRNAs作为靶标的难以确定合适序列时该突变体的优势凸显。此外,突变体可能与任何SpCas9或dSpCas9编辑器或表观基因组编辑器结合,以增加编辑的特异性。

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https://www.nature.com/articles/s41467-020-15021-5

来源:frontiersin 植物科学最前沿

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