课题组验证头状葡萄球菌基因组集和检验基因组集的系统发育树及耐药基因分布情况。科研人员供图
洪恒飞 王桢干 科技日报记者 江耘
7月28日，记者从浙江大学医学院附属邵逸夫医院获悉，该院感染科俞云松与陈衍课题组通过首创的头状葡萄球菌核心基因组多位点分型系统，揭示了利奈唑胺耐药头状葡萄球菌的克隆传播和耐药机制，为多重耐药病原体的流行病学监测提供了可靠的分子分型工具。相关研究论文近日发表在国际期刊《自然通讯》。
头状葡萄球菌是一种常见的凝固酶阴性葡萄球菌，可导致乳腺炎、复杂皮肤软组织感染、人工关节感染等严重感染。国内有关头状葡萄球菌多中心菌株的亲缘关系分析研究较少。核心基因组多位点分型系统是以大量菌株为基础的核心基因组作为序列分型标记，从而构建高分辨率的物种分型技术，但相关建立策略以往存在纳入核心基因数量不多、核心基因准确率低等问题。
长期使用利奈唑胺这一抗菌药，会产生耐药性。通过细菌耐药监测研究，有助于预测细菌耐药发展变化趋势，明确耐药机制，从而引导抗菌药物研发。此次研究中，课题组应用了3个不同的头状葡萄球菌基因组集，经过初步筛选和验证基因组集筛选后，最终建立包含1492个基因的核心基因组多位点分型系统。为验证该系统，课题组收集了目前所有利奈唑胺耐药头状葡萄球菌的基因组作为检验基因组集，纳入从杭州、上海和哈尔滨等地医院分离的菌株。
“尽管菌株之间时空差异很大，绝大多数利奈唑胺耐药头状葡萄球菌均属于同一克隆，即该细菌同一进化分枝。团队建立的系统分析鉴定发现了重要耐药克隆，并将其命名为L克隆。”论文通讯作者、浙大邵逸夫医院副主任医师陈衍介绍。
他介绍，基于核心基因组单核苷酸多态性（SNP）系统发育分析的区分结果与头状葡萄球菌核心基因组多位点分型系统结果一致——大部分L克隆菌株携带利奈唑胺耐药基因，该基因由菌株中特定的环状DNA分子携带，并且只存在于L克隆中。
“虽然L克隆目前只发现于中国，但已对临床产生威胁，亟须进行更大范围的国际流行病学调查来监测L克隆的全球性流行和传播。”陈衍介绍，期待在完善的核心基因组多位点分型系统的帮助下，未来可以更好地监测多重耐药头状葡萄球菌克隆播散情况。
