波兰水貂感染的新冠病毒存在特异性突变

确定可能的病毒病原体宿主并研究宿主在其种群中的传播动态是控制人畜共患病的关键步骤。新冠病毒的起源可能是蝙蝠，但潜在的中间宿主尚未得到证实。新冠病毒似乎很容易在人类和其他动物物种间传播，尤其是食肉动物（即狗、猫、雪貂、狮子、美洲狮），这引发了人们对新冠病毒新动物来源的担忧。

2020年11月，人类感染水貂身上变异的新冠病毒一事备受关注，据英国《卫报》2020年11月18日报道，当时已有丹麦、法罗群岛（丹麦的海外自治领地）、荷兰、南非、瑞士、俄罗斯和美国共七个国家和地区报告了与水貂相关的变异新冠病毒感染病例。

近日，波兰格但斯克大学、芬兰赫尔辛基大学和波兰格但斯克医科大学研究人员在最新一期《新发传染病》（Emerging Infectious Disease）杂志上发表了一篇题为“波兰养殖水貂中新冠病毒感染研究”的文章。研究人员在调查波兰北部养殖水貂农场中的新冠病毒感染情况后发现，养殖水貂中存在新冠病毒，他们推测，该病毒约在2020年9月底前就已传入该农场。

论文发表页截图，图片来源：《新发传染病》杂志网站

研究人员对2020年11月采集于波兰北部养殖场的91只北美水貂咽拭子样本进行了逆转录PCR、抗原检测和二代测序，并使用了两种不同的测序技术对水貂新冠病毒基因组进行了分析。

分析结果表明，有15只（16.5%）水貂新冠检测呈阳性。所有获得的病毒分离株中，在刺突蛋白G75V和C1247F两个位点都存在特异性突变。其中，G75V突变位于N末端结构域，可能负责与宿主受体的相互作用或在受约束的预融合状态下稳定刺突蛋白。然而，迄今为止，保存在全球流感共享数据库（GISAID）中的其他新冠病毒序列中，没有同时存在这两种突变的现象。

研究人员还检查了12个源自水貂的新冠病毒基因组序列，以检测早些时候在荷兰和丹麦水貂中检测到的水貂特异性突变，但未发现任何突变。这一结果表明，来自波兰水貂的新冠病毒是被单独引入的。此外，在波兰水貂新冠病毒分离株中，研究人员还发现了另外5种蛋白：非结构蛋白(NSP)2、NSP3、NSP14、NSP15和核衣壳蛋白。

在数据集的基础上，研究人员通过估算每个分离株之间的分歧时间来推断病毒株系统发育关系。他们估计，来自波兰水貂的新冠病毒的最新共同祖先和两个最相似的序列(德国/NW-HHU-340/2020和挪威/4235/2020)在大约2020年9月31日出现分歧。在识别出氨基酸序列中的突变后，研究人员认为，如果病毒是在进入波兰农场后才开始发生突变的话，那么这起事件估计应该发生在2020年10月4日左右。因此，他们推测，该病毒约在2020年9月底前就已传入该农场。

研究人员认为，应该对生活在水貂养殖场附近的人类进行广泛监测，以寻找可能存在的病毒溢出现象和新病毒变种。持续的流行病学监测是预防新的人畜共患病暴发的关键步骤。