中国中医科学院中药所数据中心建立全球传统药物基因组数据库助力草药系统研究

全世界使用传统药物治疗疾病已有上千年历史，现在传统药物仍然是医疗保健、新药研发的重要来源。新冠病毒肺炎疫情期间，传统药物更是在减少病情恶化及死亡率上起着重要作用。随着近几年本草基因组学的兴起，前沿多组学技术引入后，极大的加速了传统药物的现代化研究。多组学技术不断更新和进步，基因组学相关数据快速产生和累积的同时，由于缺乏较为统一的格式或者存储于各个分散的数据中心等问题，极大削弱了基因组学数据价值。

Science China Life Sciences 近日在线发表了中国中医科学院中药研究所本草基因组团队的题为“Global Pharmacopoeia Genome Database is an integrated and mineable genomic database for traditional medicines derived from eight international pharmacopoeias”的研究论文，介绍了该团队构建的全球药典药用物种基因组数据库（Global Pharmacopoeia Genome Database，http://www.gpgenome.com）。

该数据库收集记载于全球八大药典（中国药典、美国药典草药典、日本药典、韩国药典、印度药典、埃及药典、欧洲药典以及巴西药典）的药用物种相关的全基因组、细胞器基因组、转录组、DNA条形码等数据，进行统一格式化并开发或嵌入多个数据挖掘工具，包括信息模糊搜索、序列BLAST搜索、DNA条形码物种鉴定、基因组数据浏览器JBrowse等。

图1 全球药典药用物种基因组数据库结构

该数据库目前已收录903个物种的34,346条数据，包括867个物种的21,872条DNA条形码数据，674个物种的2,203个细胞器基因组以及49个物种的55个全基因组数据等。该数据库通过提供不同层面的药用物种基因组学相关数据及分析工具，为传统药物的用药安全、药效成分生物合成途径解析、优良品种分子育种等提供了极大的便利。