湖北省农科院发表高质量栽培草莓基因组注释

来源：植物科学最前沿

草莓是多年生草本植物，蔷薇科草莓属。草莓因芳香多汁、营养丰富受到人们的喜爱，在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体(Fragaria×ananassa，8n=56)，基因组复杂，杂合度高。2019年，Nature Genetics杂志发表了利用三代测序数据组装的高质量栽培草莓v1.0版本基因组(Edger et al., 2019)，极大地促进了草莓和其它蔷薇科植物的基因组学、分子生物学以及遗传学研究。然而，由于基因组注释时使用的转录组数据较少，仍存在基因组的注释准确度、完整度低等问题。

近日，Horticulture Research在线发表了湖北省农科院题为Reannotation of the cultivated strawberry genome and establishment of a strawberry genome database的研究论文。该研究利用作者前期开发的基因组注释流程，结合Illumina和PacBio全长转录组测序技术的优势，对栽培草莓的基因组进行重注释，显著地提升了栽培草莓基因组注释的完整度和准确度，获得栽培草莓基因组注释新版本v1.0.a2。
新的基因组注释(v1.0.a2)总共包含108,447个蛋白编码基因，BUSCOs评估基因组完整度达到97.85%。与(v1.0.a1)注释相比较，v1.0.a2注释新增了360个新基因，提升了19,174个基因的结构，还为11,044个基因添加了转录本信息，并且搭建了草莓基因组数据库：SGD: http://www.strawberryblast.ml:8080/strawberry/viroblast.php
同时，该研究还重新分析了草莓果实发育不同时期的转录组数据(Sánchez-Sevilla et al., 2017)，为草莓果实发育提供了有力的支撑。综上，该研究利用Illumina和PacBio测序技术对栽培草莓基因组进行重注释，获得了高质量的基因组注释，为草莓的遗传改良以及蔷薇科植物的比较基因组学研究提供了重要的资源。