Science：病毒序列可以揭示SARS-CoV-2如何传播和进化​

来源：病毒学界

艾默里大学生物学副教授Katia Koell称，SARS-CoV-2病毒变种的出现在对抗COVID-19的斗争中增加了曲折，表明需要对该病毒进行更好的基因组监测。

Koelle说：“改进的跨州SARS-CoV-2基因组监测确实将帮助我们更好地了解引起大流行的病毒在美国的发展和传播，因此需要更多精力用于样本收集和基因测序的集中。研究人员需要访问此类元数据，以便更好地跟踪病毒在地理上的传播方式，并确定可能难以控制的任何新变种，以便更有效地做出反应。”

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Koelle研究了病毒进化与病毒传染病流行病学传播之间的相互作用。相关文章发表在《Science》杂志上，提出了SARS-CoV-2测序对控制COVID-19大流行的重要性。

通过从各个患者样品中对其基因组进行测序，本文总结了有关SARS-CoV-2的关键见解。它还列举了仍然存在的挑战，包括将元数据收集和整合到遗传分析中，以及需要开发更有效和可扩展的计算方法以应用于数十万个基因组的需求。 

如果在鼻腔拭子或咽拭子中发现SARS-CoV-2核酸，则它可以证实该该名患者携带该病毒的可能性，无论他们是否患有COVID-19症状。

“对病毒进行测序就像对其进行指纹识别一样，” Koelle解释说。“并且基于指纹在样本之间的匹配程度（即它们在遗传上的接近程度），您有时可以了解谁在感染别人。分析一段时间以来从给定区域的受感染个体获取的样本序列，可以提供更多信息。”

对SARS-CoV-2测序数据的分析使研究人员能够估计SARS-CoV-2从排出到进入人体内的时间。 

病毒基因组可以在复制过程中发生突变，并在传播给其他人时改变其遗传构成。这些随机突变中的大多数可能不会影响病毒的传播性或毒力，但其中一些可能会使它更难治愈。例如，早期证据表明，最近在英国出现的SARS-CoV-2变异可能更容易传播，而且可能伴随更严重的症状。南非的一个变种显示出可能会降低现有疫苗的功效的迹象，而巴西首次发现的一个变种也包含一些突变，卫生官员担心这些突变可能会使病毒传播得更快。