新方法再次提高单细胞蛋白质组学质谱定量准确度

来源：BioArt植物

单细胞蛋白质组学在蛋白丰度检测、转录修饰和翻译后修饰方面填补了单细胞转录组学的空白。单细胞蛋白质组学质谱（SCoPE-MS）是近年来兴起的一种定量分析多功能单细胞蛋白质组的方法，这种方法采用同位素标记和载体蛋白质组学来分析单个细胞【1】。同位素标记具有相同质量的化学标签，其中包含了独特的质量条码，这些条码能够通过肽片段化显示出来，进而进行定量分析，它的优点是所有样品中的肽在质谱图中均显示一个峰，从而增加了信号强度，并且能够同时分离肽离子【2】（图1）

图1. 图解单细胞蛋白质组学质谱技术

SCoPE-MS利用这一特性，通过将“载体”样品加入单细胞蛋白质组100倍至200倍水平，可以分析单细胞蛋白质组【1,3】。虽然这项技术的出现令人鼓舞，但是当载体蛋白质组加入的量过高时，从单细胞组获得的数据准确性和它的生物学结论都大打折扣。

近日，来自Genentech的Christopher M. Rose 与慕尼黑工业大学Bernhard Kuster团队合作在Nature Methods杂志上发表题为Defining the carrier proteome limit for single-cell proteomics的研究论文，这篇论文给出了载体蛋白质组水平和SCoPE-MS定量准确性之间的关系，为未来单细胞蛋白质组学的实验设计、数据收集和数据分析提供了指导，同时作者介绍了自己研发的程序SCPComponsion，这个程序能够对单细胞蛋白质组学质谱进行快速的质量控制分析。