SBC ceRNA芯片研究

来源：上海生物芯片

转录组服务SBC ceRNA芯片环状RNA（circRNA）在真核生物中广泛存在的发现使转录家族又增加了重要一员，lncRNA研究也正如火如荼，复杂的转录、转录调控网络研究如何走捷径？SBC ceRNA芯片是一个全转录组+产品，不仅同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA和编码蛋白的mRNA,并同时获得circRNA、lncRNA功能预测结果，为进一步功能研究提供参考。circRNA、lncRNA作为竞争性内源RNA（ceRNA），竞争性结合miRNA，从而调控miRNA靶基因的表达,这样的作用方式广泛存在，ceRNA芯片也同样是ceRNA研究的不二之选。基因芯片作为一个成熟的技术平台，二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncRNA、circRNA基因表达谱检测，基因芯片比RNA测序有许多重要且不可替代的优势：芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与RNA测序相比，芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小，更适合检测整体表达丰度低的lncRNA、circRNA。由于提高测序深度会增加加工不完全RNA的检出机率，提高测序深度可能引起可靠性的下降。lncRNA不具有蛋白的翻译起止位置，RNA测序对lncRNA转录本鉴定的可靠性要低于mRNA。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。circRNA具有特殊的环状结构，但其线性序列和线性基因难以区分，需要单独的去线性建库才能利用RNA测序来检测circRNA，不能同时检测多种RNA。芯片设计策略：Human ceRNA芯片设计流程图探针设计策略：芯片特点:· circRNA探针设计在反向剪接位点，特异性强· 技术成熟、灵敏度高：芯片比测序更适合检测表达量低的lncRNA、circRNA· 实验周期短，数据分析方法成熟、快速· 收录lncRNA、circRNA全面、可靠，并及时更新· 功 能机制预测，为深入研究circRNA、lncRNA生物学功能提供参考，包括：高保守lncRNA；lncRNA结合蛋白预测；lncRNA生物学功能预测；lncRNA亚细胞定位；疾病相关lncRNA预测；super enhancer lncRNA；enhancer lncRNA；疾病相关circRNA预测。