真菌过滤（英语：Mycofiltration）是利用蘑菇菌丝体垫的生物过滤器的处理过程。该术语是由真菌学家保罗·史塔曼兹（Paul Stamets）创造的新词。真菌过滤对处理工业废水、生活污水等有广泛的前景。
提出过程史塔曼兹原本想要通过技术来控制从他的培养皿中流出的水生的大肠杆菌。可是在种植了蘑菇等一系列真菌后发现，在一年之内水中大肠杆菌的数量就已降至接近检测不到的水平。他发现蘑菇在日益增长的菌丝体的前面可以产生结晶实体，就可以瓦解了它们遇到了大肠杆菌。而另一种蘑菇，猪苓，已被证明能抑制恶性疟原虫，这种寄生虫可引起的最危险的类型的疟疾感染。因此真菌过滤应运而生，真菌过滤在环境保护方面有很好的前景。
应用一个真菌过滤的工业应用是防止水土流失。它的主要应用是用于已经被遗弃的伐木道路。这里的方法是把树皮和木屑放在伐木道路上，给这种木材碎片接种本地真菌物种菌丝体。由于木片分解，菌丝网络发育，它们充当过滤器，以防止淤泥流1。在这个过程中，它们还会更新表层土壤，刺激原生植物和动物的生长。
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李兵 - 副教授 - 西南大学