食用菌栽培与作物不同，用的不是土壤，地面只是食用菌栽培的支持物。食用菌栽培用的是培养料，食用菌要将培养料分解建造自身。这些培养料绝大多数都是人类不能作为食物直接食用的木质纤维素类的农林副产品，如秸秆、木屑和禽畜粪便等。
食用菌虽然种类很多，但是栽培程序基本是一样的，即培养料制备→灭菌或发酵→接种→发菌(有的食用菌需覆土)→出菇(耳)→收获。有的种类只出一茬，有的可以出几茬。
栽培食用菌的方法主要有生料栽培、发酵料栽培和熟料栽培。
所谓生料栽培，就是将培养料加水搅拌均匀后不再灭菌或发酵而直接接种，然后在适宜环境条件下发菌出菇。目前可以生料栽培的种类只有平菇、草菇和大球盖菇，其他种类都不能生料栽培。
发酵料栽培是将各种原料拌匀后，按一定规格要求建堆，堆积发酵，当堆温达一定要求后，进行翻堆，一般要翻3～5次，然后在自然条件下接种，在适宜环境条件下发菌出菇。凡可生料栽培的种类都可进行发酵料栽培。必须使用这一方法的都是蘑菇属的各种，如双孢蘑菇、大肥菇、巴氏蘑菇(姬松茸)，草菇、平菇、鸡腿菇等也常应用此法。
熟料栽培是指将培养料装入一定大小的容器，常用塑料袋，然后进行常压或高压灭菌，将培养料内的生物全部杀死。冷却后经无菌操作接种，在适宜环境条件下发菌出菇，如香菇、杏鲍菇、金针菇、木耳、银耳、白灵菇等都是这样栽培的。
此外，一些共生菌类，如松茸、牛肝菌等非腐生菌类，用上述任何方法都不能栽培出菇。但是由于其美味，市场价格好，为了增加野生状态的采集量，人们进行了半人工栽培。所谓的半人工栽培，就是人工接种在自然发生的场所，增加菌丝生长量，促使子实体多发生。
