冬季清园是柠檬生产中的一个重要环节，可以降低污染，减少病虫的越冬基数，利于生产安全放心的柠檬果。
树干刷白：先用生石灰、石硫合剂、食盐、动物油、清水等按比例调成糊状，比例为：1000克生石灰、兑200克石硫合剂、100克食盐、50克动物油、3000克清水。将主干或主枝上的青苔及翘皮刮去，用它来刷白。需要说明的是，生石灰和石硫合剂主要用来杀菌杀虫，食盐对刷白剂起防裂防潮的作用，动物油起粘和的作用，清水用用来稀释。这样不但可以杀死树干内越冬的虫卵，而且还可以防止柠檬树体的冻伤。其次要搞好整形修剪，剪除枯枝、病虫枝、病果，并把它们集中深埋或焚烧掉。然后对树冠喷施高效低毒低残留的杀螨剂、杀菌剂，以降低次年病虫为害。同时可对土壤进行中耕翻土，杀死地下的越冬虫蛹，也可以用蒿杆、稻草或薄膜等进行树盘覆盖，以提高地温，减少柠檬落叶。这些工作做好后，柠檬就可以安全的越冬啦。
将采收后的柠檬果放入600倍液的甲基托布津溶液中浸泡1-2分钟后取出，浸泡处理应在采收后24小时之内完成。之后，把果品放在阴凉、通风的场所预贮藏5-7天，当果实散失部分水分，轻度萎蔫时，可进行单果包装，一般用保鲜袋把柠檬果一个一个包好，然后放置在通风的贮藏库或冷藏库里，避光保存，并可以随时进行果品加工了。
