小辣椒病毒病毒源以黄瓜花叶病毒、烟草花叶病毒为主，其次为马铃薯Y病毒，黄瓜花叶病毒是小辣椒上最主要的毒源，在叶片上形成淡绿相间的斑驳，叶面凹凸不平，叶脉皱缩畸形或形成线形叶，生长缓慢，严重矮化，叶片能严重黄化，出现落叶现象；烟草花叶病毒是小辣椒上第二位的毒源，主要在前期为害，常引起急性型坏死枯斑或落叶，后心叶呈系统花叶，或叶脉坏死，茎部斑面或顶梢坏死。两种病毒都会引起大量落叶、落花、落果，严重影响小辣椒的产量和品质。
黄瓜花叶病毒主要靠蚜虫传播，其发生程度大小与蚜虫的发生情况关系密切，特别遇高温干旱天气，不仅可促进蚜虫传毒，还会降低小椒的搞病性；烟草花叶病毒靠接触及伤口传播，通过整枝打杈等农事操作传播。此外，定植晚、连作地、低洼地及缺肥地易引起该病流行。
防治方法：
1、进行遮荫栽培和控制蚜虫，小辣椒田周围尽量不种茄科蔬菜和瓜类作物，可与高粱、玉米等高杆作物间作，减轻病毒病的发生。
2、在病毒病发病前，喷洒硫酸锌溶液和磷酸三钠溶液。
3、发病初期，用20％病毒A可湿性粉剂500倍液或1.5％植病灵乳剂1000倍或NS－83增抗剂100倍液，10天一次，连续防治3－4次。
