防治水稻二化螟、大螟，优先采用苏云金杆菌、金龟子绿僵菌CQMa421，化学药剂可选用氯虫苯甲酰胺、甲氨基阿维菌素苯甲酸盐、甲氧虫酰肼。
防治稻飞虱，种子处理和带药移栽应用吡虫啉、噻虫嗪（不选用吡蚜酮，延缓其抗性发展）；喷雾选用金龟子绿僵菌CQMa421、醚菊酯、烯啶虫胺、吡蚜酮。
防治稻纵卷叶螟，优先选用苏云金杆菌、甘蓝夜蛾核型多角体病毒、球孢白僵菌、短稳杆菌、金龟子绿僵菌CQMa421等微生物农药，化学药剂可选用氯虫苯甲酰胺、四氯虫酰胺、茚虫威等。
防治稻瘟病，采用枯草芽孢杆菌、多抗霉素、春雷霉素、井冈·蜡芽菌、申嗪霉素等生物农药或三环唑、丙硫唑等化学药剂。
防治纹枯病、稻曲病，采用井冈·蜡芽菌、井冈霉素A（24%A高含量制剂）、申嗪霉素等生物药剂或苯甲·丙环唑、氟环唑、咪铜·氟环唑等化学药剂。
预防细菌性基腐病、白叶枯病等细菌性病害,选用枯草芽孢杆菌、噻霉酮、噻唑锌。预防病毒病，选用毒氟磷、宁南霉素。
值得注意的是，应用生物药剂品种时，施药期应适当提前，确保药效。稻虾、稻鱼、稻蟹等农业生态种养区和临近种桑养蚕区，需慎重选用药剂；水稻扬花期慎用新烟碱类杀虫剂（吡虫啉、啶虫脒、噻虫嗪等），减少对授粉昆虫的影响；破口抽穗期慎用三唑类杀菌剂，避免药害。
提倡不同作用机理药剂合理轮用与混配，避免长期、单一使用同一药剂。提倡使用高含量单剂，避免使用低含量复配剂。禁止使用含拟除虫菊酯类成分的农药，慎重使用有机磷类农药。