Nature : 分枝杆菌VII型分泌系统的结构

BioArt  |   2019-10-25 14:15

来源:BioArt

致病性分枝杆菌有多达5个同源的ESX/VII型分泌系统(T7SS),其中ESX-1、ESX-3、ESX-5介导了结核病中发挥特定作用的效应蛋白的分泌。ESX-3在铁限制时被诱导表达,参与金属稳态、抑制CD4+ T细胞的活化、吞噬体成熟和病原体诱导的吞噬损伤修复有关【1】。ESX分泌系统有5个保守的核心膜组分,分别是EccB、EccC、EccD、EccE、MycP,介导EsxA:EsxB毒性因子家族和DNA的分泌。关于ESX-5的生化和结构研究表明,EccB、EccC、EccD、EccE等四个组分在细胞外膜上聚集形成稳定的六聚体分泌孔【2】,而MycP是膜锚定蛋白酶,与稳定的分泌孔没有紧密的联系。耦联蛋白EccC识别细胞质中效应蛋白,并为其运输提供能量【3】

近期的研究解析了结核杆菌T7SS的部分结构,获得了EccB、EccC、EccD可溶结构域的晶体结构。ESX-5的低分辨率负染色电镜结构显示,T7SS组装形成六聚体,但染色剂的使用限制了分析复合物内部结构信息的可能性。所以,如何获得一个高分辨率的T7SS还需要进一步研究。

2019年10月10日,来自西班牙的Oscar Llorca和来自德国的Sebastian Geibel合作在Nature杂志发表文章Architecture of the mycobacterial type VII secretion system,报道了分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)中ESX-3/VII型分泌系统的膜包埋核心复合物的冷冻电镜结构,分辨率达到3.7Å。ESX-3分泌机器的核心由EccB3、EccC3、EccD3、EccE3以1:1:2:1的比例组成,构建了两个相同的原聚体。EccC3耦连蛋白包含了四个ATPase结构域组成的灵活性阵列,通过stalk结构域与膜相连。未知结构域(domain of unknown function,DUF)邻近stalk,被鉴定为ATPase结构域,对分泌是必需的。EccB3主要位于周质,但有一小段跨过膜与stalk结构域相连,表明底物通过与EccC3远端相结合及随后的DUF中ATP的水解引发stalk结构域的构象变化,进而导致底物分泌到周质中。

20191025141534_64f187.jpg

研究人员首先鉴定出ESX-3的核心组分EccB3、EccC3、EccD3、EccE3四个膜组分,然后构建了最小表达体系对ESX-3核心复合物进行纯化。核心复合物约为~900kDa,2D class显示出一个中心突出的密度和一个跨膜区域的形状。膜的另一侧即“叉”和“臂”,具有柔韧性。“叉”的区域是刚性的,但柔韧地附着在膜上。进一步解析得到分辨率为3.8Å的冷冻电镜结构信息,显示两个相似的原聚体相互作用形成二聚体结构。综合电镜结构信息和交联质谱分析,EccD3的小亲水域和EccC3、EccE3相连,但不与EccB3相连,所以EccC3、EccD3、EccE3的可溶性结构域组成细胞质内的“臂”结构,而EccB3的可溶性结构域形成膜层对侧的“叉”结构。密度分析显示EccB3的周质结构域连接到其跨膜螺旋(trans-membrane helices,TMH)上,将其锚定在膜上。每个原聚体包含25个跨膜螺旋,其中2个EccD3有2*11个,EccB3有1个,EccE3有3个。2个EccD3反向平行相互作用形成支架,膜上的EccD3通过TMH和EccB3或EccE3作用,EccD3的膜结构域通过TMH与自身的N端Ubl结构域相连;在细胞质中,Ubl结构域及其与膜结构域的链接形成支架,为EccB3、EccC3、EccE3的几个胞质结构域提供结合位点。两个N端TMH将EccC3插入到膜内,而EccC3通过stalk结构域将其胞质结构域连接到膜上。Stalk结构域邻近DUF结构域,DUF显示出ATPase折叠的构象。EccC3-DI ATPase结构域与DUF结构域相连。EccE3通过2个TMH和膜相连,与胞质的EccD3-Ubl结构域二聚体形成广泛的界面。总体而言,ESX-3核心复合物包含了2个相同的原聚体,每个原聚体由EccB3、EccC3、EccD3、EccE3以1:1:2:1的比例组成。EccB3二聚体的周质结构域连接到TMH,将两个原聚体锚定在一起。

研究人员通过功能实验验证其结构的正确性。通过向分泌缺陷的分枝杆菌中回补完整或突变的ESX-3基因簇,发现完整的ESX-3能够恢复分泌系统,但缺失EccB3的周质结构域,或缺失EccE3,或缺失EccC3的DIII结构域、或突变DUF等都导致分泌效应分子EsxG、EsxH的失败。

20191025141534_685aac.jpg

由于ESX-5形成六聚体结构,而ESX-3却是二聚体结构,所以研究人员进一步检测是够存在更大的寡聚体。结果显示,ESX-3能够在膜上形成更大的复合物,这或许在纯化过程中被破坏。但EccB3、EccC3、EccD3、EccE3以1:1:2:1的比例组成原聚体在分泌完整的细胞中得到验证。3个ESX-3二聚体能够形成六聚体,组成分泌孔;分泌物EsxG:EsxH二聚体的大小为22Å,而分泌孔大小~25Å,足够分泌物的通过。在分泌孔的胞质面,6个EccC3的耦连组分组成一个独特的前庭结构,由一个stalk结构域和4个EccC3的ATPase结构域(DUF、DI、DII、DIII)组成。Stalk结构域和EccB3的N端螺旋间的广泛连接显示,底物结合DIII结构域和随后DUF对ATP的水解能够导致构象变化,直接导致分泌孔的打开或关闭。

20191025141534_6cc4ed.jpg

总的来说,该研究以高分辨率解析了分枝杆菌的ESX-3/VII型分泌系统的结构信息,揭示了分枝杆菌的新型分泌机制,为理解分枝杆菌的治病过程和治疗提供了新的视角。

原文链接:

https://doi.org/10.1038/s41586-019-1633-1

参考文献

1. Serafini, A., et al., Characterization of a Mycobacterium tuberculosis ESX-3 conditional mutant: essentiality and rescue by iron and zinc. J Bacteriol, 2009. 191(20): p. 6340-4.

2. Beckham, K.S., et al., Structure of the mycobacterial ESX-5 type VII secretion system membrane complex by single-particle analysis. Nat Microbiol, 2017. 2: p. 17047.

3. Rosenberg,O.S.,etal.,SubstratesControlMultimerizationandActivationofthe Multi-Domain ATPase Motor of Type VII Secretion. Cell, 2015. 161(3): p. 501-12

来源:BioGossip BioArt

原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MzQyNjY1MQ==&mid=2652476800&idx=5&sn=8e1236fafa3577d57c5713d6e203c6b2&chksm=84e20634b3958f22996e21cc3fd21c0d26d2623ca696ac519c20dcf137214462050b6515158a&scene=27#wechat_redirect

版权声明:除非特别注明,本站所载内容来源于互联网、微信公众号等公开渠道,不代表本站观点,仅供参考、交流、公益传播之目的。转载的稿件版权归原作者或机构所有,如有侵权,请联系删除。

电话:(010)86409582

邮箱:kejie@scimall.org.cn

相关推荐 换一换

  • 邵文彬
    0
    致病性分枝杆菌有多达5个同源的ESX/VII型分泌系统(T7SS),其中ESX-1、ESX-3、ESX-5介导了结核病中发挥特定作用的效应蛋白的分泌。
  • 刘素林
    0
    自然科学研究发现,分枝杆菌七星分泌系统的结构。
没有更多了