Science:肠道菌群与生物钟

宏基因组  |   2019-09-30 04:07

来源:宏基因组

哺乳动物的新陈代谢对内在和外在的变化都十分敏感,而生物钟和菌群是其中两项极为重要的因素,前者控制了食物何时摄取,而后者影响食物的消化吸收。具体来说,肠道菌群调控了宿主的代谢途径,并参与了发胖过程【1-4】,而宿主也会随着昼夜交替而规律性表达生物钟相关的分子【5-7】。作为宿主新陈代谢中最为基础的一环,何时进食与何时入睡相互影响,密不可分。那么,进食相关的肠道菌群与入睡相关的生物钟,这二者是如何相互影响,从而最终影响宿主新陈代谢呢?

来自美国西南医学中心的Lora V Hooper团队于2019年9月在Science上发表题为The intestinal microbiota programs diurnal rhythms in host metabolism through histone deacetylase 3 的文章,发现菌群可以诱导肠道上皮细胞表达组蛋白脱乙酰酶3(histone deacetylase 3,简称HDAC3),而HDAC3会按照昼夜节律被招募至染色体上,引导组蛋白依照昼夜节律发生乙酰化和去乙酰化,从而最终影响代谢相关基因的表达和食物的摄取。并且,HDAC3可以通过酯类转运分子Cd36促进脂类的吸收,从而导致肥胖。

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多项报道指出,生物钟可以通过影响组蛋白的修饰分子,诱导代谢相关基因的表达【8-11】。所以,作者首先探讨,肠道菌群是否可以影响这些组蛋白修饰分子。白昼时间定为0点到12点,黑夜时间定义为13点到24点。作者首先采集了0点到24点的正常小鼠(conventional,简称CV)和无菌小鼠(Germ-free,简称GF)的肠道上皮细胞(intestinal epithelial cells,简称IELs),通过组蛋白表观组测序(组蛋白3的9位和27位赖氨酸乙酰化情况,histone H3 lysine 9/27 acetylation,简称H3K9ac和H3K27ac)两种检测方法,发现,CV小鼠的H3K9ac和H3K27ac呈现与生物钟相一致的节律变化,而GF小鼠的平均信号较CV小鼠强,但节律性却较弱。这些结果说明,肠道菌群可以调控上皮细胞以生物钟为规律的乙酰化。并且,还暗示,CV小鼠与GF小鼠的区别,很可能与脱乙酰酶(HDAC)相关。

接下来,作者试图寻找这一脱乙酰酶。作者首先检测了HDAC1-HDAC11这11种脱乙酰酶是否在肠道IELs中表达,并发现,HDAC1和HDAC3是表达量最高的两种。接下来,比较了CV小鼠和GF小鼠IELs中这两种脱乙酰酶的表达区别,发现,只有HDAC3在两种小鼠中表达量不同,GF小鼠中表达量较CV小鼠低。所以,HDAC3很可能就是作者想要寻找的脱乙酰酶。

随后作者进一步确定HDAC3的作用机制。因为在肝脏和脂肪中,HDAC3通常与其抑制因子(nuclear receptor co-repressor,简称NCoR)协同作用,行使功能【12-15】,所以,作者检测了IELs中二者的结合情况,发现在GF小鼠中,HDAC3与NCoR之间的结合要明显低于CV小鼠。接下来,作者构建了IELs特异性敲除HDAC3的小鼠,发现,这种小鼠的H3K9ac和H3K27ac与GF小鼠十分类似。上述结果说明,肠道菌群是通过HDAC3来调节组蛋白随着生物钟变化而变化的。

再下来,作者探讨了HDAC3对宿主新陈代谢的影响。作者发现,IELs特异性敲除HDAC3的小鼠血清中的酯类代谢产物浓度,不再随着生物钟而呈现节律变化。并且,生物钟相关的酯类代谢基因表达量降低,而参与酯类合成和吸收的基因表达量则上升,其中,就包括酯类转运分子Cd36。另外,作者通过给小鼠投喂抗生素清除其肠道菌群,野生型小鼠体重减轻,体脂含量也显著降低,但是其敲除HDAC3的同窝小鼠这两项指标则没有明显变化。这些结果说明,IELs的HDAC3可以调控酯类吸收,并且参与小鼠的发胖过程。

最后,作者探讨了HDAC3影响酯类吸收的机制。作者发现,上文提到的酯类转运分子Cd36在CV对照小鼠中的表达呈现节律变化,但是,在GF小鼠和IELs特异性敲除HDAC3的小鼠中,其表达量显著降低,并且,节律性变化也明显减弱模糊。这些结果说明,肠道菌群可以诱导Cd36的表达,并且,通过HDAC3影响酯类吸收。

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总的来说,肠道菌群和生物钟是目前生物学研究的两个热点,作者将二者联系起来,发现肠道菌群可以通过影响组蛋白去乙酰化酶,影响基因表达随着昼夜节律而变化,进而影响酯类吸收和宿主新陈代谢。

原文链接:

https://science.sciencemag.org/content/365/6460/1428

参考文献

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来源:meta-genome 宏基因组

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