转录组测序“指证”老年性黄斑变性更多遗传线索

生物通  |   2019-09-09 18:08

来源:生物通

眼科研究所的科学家领导了一项合作工作,重点研究了年龄相关性黄斑变性(age-related macular degeneration,AMD)相关基因。

20190909180803_360a05.jpg

AMD是65岁以上人群视力丧失和失明的主要原因。2月11日发表在Nature Genetics杂志上的这篇文章提供了一幅更广泛和深入的了解AMD遗传贡献的图片,并为治疗提出了新途径。

“在刑事调查中,不同的罪犯被锁定在34个邮政编码的52条街道中,”本研究主要作者、美国国立卫生研究院神经生物学神经退行性变和修复实验室主任Anand Swaroop博士说。“以此类比,我们的发现相当于确定了真正的嫌疑人——即我们可以重点调查的直接靶标。

在此之前,Swaroop和同事们比较了患有AMD的人群,并确定了34个小基因组区域(被称为基因座,loci),以及这些基因座中与AMD显著相关的52个基因变体。“然而,与其他常见和复杂的疾病一样,大多数变体最终并没有出现在基因组的蛋白质编码区,它们是如何对AMD产生生物学效应的?这让我们十分困惑,”Swaroop说。

于是,研究人员探讨了这些变体是否可能增强AMD相关基因,例如启动某些基因的启动子或增加某些基因活性的增强子等。如果变异真能调节基因表达,另一关键的问题仍然存在:变异调节哪些基因?

Swaroop课题组分析了来自已故人类供体的453个视网膜(受AMD影响的主要眼组织),其中有人是AMD患者,有人不是。分析涉及对每个视网膜RNA进行测序,共鉴定出13662个蛋白质编码序列和1462个非蛋白质编码RNA序列。

为了寻找调节视网膜基因表达的遗传变异,他们采用表达数量性状基因座(eQTL)分析。计算方法使研究人员能够检测出视网膜中表达的基因与之前确定的900万个基因突变之间的模式关系。具体地说,他们寻找的是对AMD患者和非AMD患者基因表达变化负责任可能性较高的变体。分析指出,早期研究确定的34个AMD基因座中,有6个是靶向疾病的。

此外,将这些数据与早期的AMD研究结合起来还确定了另外3个靶向AMD基因,它们从未在AMD中被证明过起作用。这项分析还提示了多达20个额外的候选基因,为AMD病理学相关基因和通路提供了洞察力。

“到目前为止,AMD的大多数研究都集中在DNA的遗传变异分析上,这项研究首次利用到转录组(RNA)数据,扩展了AMD的基因结构,”目前在贝勒医学院就职的Rinki Ratnapriya博士说。

最有可能的靶基因是B3GLCT和BLOC1S1,它们可能直接影响AMD相关的细胞功能,如信号传导、蛋白质分解和处理、细胞外基质的稳定性和细胞分布的基础建设。

“重要的是,定义基因变异如何影响基因的表达能力,为观察眼睛的生物学开辟了全新的方向,”Swaroop说。

他们开发了一个视网膜基因表达数据库,EyeGEx,为视觉研究人员提供了除AMD以外其他疾病(如糖尿病视网膜病变和青光眼)的遗传线索。

AMD是一种复杂的疾病,受遗传和行为因素混合影响,病因目前尚不清楚。但人们发现,例如吸烟会增加患病风险,而吃绿色蔬菜和鱼类则会降低患病风险。需要更多研究来了解这些环境因素如何与基因相互作用,从而促进疾病的发展和其严重性。

未来的研究中心可能旨在解释靶向AMD基因的功能,以确定它们与AMD病理学的关系,并寻找新治疗策略靶点。

参考文献:

Retinal transcriptome and eQTL analyses identify genes associated with age-related macular degeneration

来源:gh_c1fce5726992 生物通

原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5NzMwNjYyMg==&mid=2675530555&idx=3&sn=50a5ec628c97b3add22b84299945b7d0&chksm=bc51f2aa8b267bbcdfb8ec88a62c0df346f80f7ba2a3da56c3335e046a7c0f1fba4cca3d5191&scene=27#wechat_redirect

版权声明:除非特别注明,本站所载内容来源于互联网、微信公众号等公开渠道,不代表本站观点,仅供参考、交流、公益传播之目的。转载的稿件版权归原作者或机构所有,如有侵权,请联系删除。

电话:(010)86409582

邮箱:kejie@scimall.org.cn

相关推荐 换一换

  • 邵文彬
    0
    为了寻找调节视网膜基因表达的遗传变异,他们采用表达数量性状基因座(eQTL)分析。
没有更多了