《自然-遗传学》本周在线发表的一篇论文Origin and evolution of the octoploid strawberry genome报告了一个几近完整的草莓参照基因组。该基因组为了解这一广受欢迎的水果的起源和演化历史提供了新见解。
八倍体草莓的演化史。
Edger et al.
八倍体栽培种草莓（Fragaria × ananassa）卡姆罗莎（Camarosa）有八组染色体，也被称为花园草莓，因味美清香而深受喜爱。
美国密歇根州立大学的Patrick Edger和同事对该八倍体草莓的基因组进行了高质量组装和注释，共鉴定出10万多个草莓基因。作者对草莓属（Fragaria）二倍体种（拥有两组染色体的草莓品种）的31组RNA分子进行了测序，并将二倍体种的表达基因序列与F. × ananassa 的表达基因序列进行了对比。作者随后通过演化分析鉴定出了森林草莓（Fragaria vesca）、 饭沼草莓（Fragaria iinumae）以及此前未知的绿色草莓（Fragaria viridis）和日本草莓（Fragaria nipponica）是F. × ananassa 的四个二倍体祖先种。该分析结合现存种的地理分布表明，八倍体草莓起源于北美。
二倍体和八倍体草莓基因组的共线性。
Edger et al.
此外，作者还对八倍体草莓的四个亚基因组开展了演化动力学分析，发现了一个占支配地位的亚基因组，能在很大程度上控制草莓的代谢和抗病性状。
作者总结表示，草莓的演化和起源信息、占主导地位的亚基因组，以及首个八倍体草莓高质量基因组，或能作为研究人员和育种者改善栽培种花园草莓口味、香味和抗病性的有力资源。ⓝ
ng|doi:10.1038/s41588-019-0356-4
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Origin and evolution of the octoploid strawberry genome
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来源：Nature-Research Nature自然科研
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