来源:iNature
尽管哺乳动物基因组是二倍体,但先前的研究广泛地研究了平均染色质结构,而没有考虑同源染色体之间的差异。2020年8月5日,南方科技大学生物系副教授靳文菲课题组和美国国立卫生研究院赵可吉实验室合作在Genome Research 在线发表题为“Diploid genome architecture revealed by multi-omic data of hybrid mice”的研究论文,该研究利用多组学技术研究杂交小鼠揭示同源染色体间的相互作用模式、三维结构、染色质动态、组蛋白修饰及其对基因表达的影响,极大的增加了我们对基因组三维结构及其对基因调控的认识。该研究利用两个不同品系小鼠杂交获得杂交小鼠,然后构建杂交小鼠, 其父本与其母本的Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq等组学数据。根据杂交小鼠的多态位点和小鼠品系特异基因型把杂交小鼠组学数据分成父本来源基因组和母本来源基因组,这样就可以在单倍型水平构建三维基因组和研究基因调控。
南方科技大学生物系副教授靳文菲课题组韩志军博士为该文第一作者,南科大为论文第一署名单位。靳文菲副教授和NIH赵可吉研究员为该文的共同通讯作者。南科大生物系陈炜教授和东南大学林承棋教授参与了该工作。该研究得到国家重点研发计划和深圳市科技创新委员会资助。
参考消息:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32759226/
来源:Plant_ihuman iNature
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