来源：中国科学杂志社
普通野生稻（Oryza rufipogon Griff.）是亚洲栽培稻（Oryza sativa）的近缘祖先，生长区主要分布于温暖潮湿的热带、亚热带气候地区，其经过长期的进化和驯化变成了现代的栽培稻。在漫长的进化历程中，野生稻经受了各种不利的自然环境，积累了诸多的优异基因，特别是其丰富的抗性基因，如耐寒、抗虫、耐病、耐涝、耐盐、抗干旱等。因此，挖掘和利用野生稻丰富的遗传资源，对水稻育种和品种改良具有重要意义。一个高质量的野生稻基因组序列图谱，对于高效地克隆野生稻重要的优良基因、品种改良以及研究栽培稻的起源与驯化机制都有重要的意义。然而由于野生稻基因组高杂合度的特点，基于传统的鸟枪法二代测序技术难以获得高质量的基因组图谱。
研究人员利用Illumina、PacBio、BioNano和Hi-C等技术，对一株来源于老挝的普通野生稻（IRGC106162，由国际水稻所提供）进行了测序，并基于梁承志研究员团队开发的单分子测序的高质量组装软件HERA获得了染色体水平的基因组序列，其contig N50和scaffold N50分别达到了13.2 Mb 和20.3 Mb。该基因组大小约为399.8 Mb，包含了36,520个蛋白质编码基因，其中49.37%为重复序列，其中以长末端重复的转座子最为丰富。通过比较基因组学和进化分析，揭示了普通野生稻和亚洲栽培稻（包括粳稻和籼稻）的基因组具有较强的共线性，但存在着大量的遗传变异（包括单核苷酸多态性和结构变异）。在进化上，野生稻IRGC106162偏向为籼稻的近缘祖先。该高质量的普通野生稻基因组的完成，丰富了当前的水稻基因组图谱库，为挖掘野生稻遗传资源提供了重要的序列信息。
来源：scichina1950 中国科学杂志社
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