双链DNA“分子力钳”—测定核酸适配体折叠能量的有力工具

X一MOL资讯  |   2020-07-17 08:09

来源:X一MOL资讯

核酸适配体是能特异性识别靶标的核酸片段,是通过指数富集配体系统进化技术(SELEX)体外筛选获得的新型生物识别探针。因其具有合成容易、筛选无需活体、热稳定性高、靶标范围广等优势,已成为一种重要的研究手段受到广泛关注。核酸适配体与靶标的亲和性归因于其折叠结构与靶标之间的构型匹配,因此折叠能量(folding energy)是表征核酸适配体功能性和稳定性的重要参数。然而要通过实验手段在平衡态下直接测量核酸适配体的折叠能量非常困难。
针对这一难题,合肥工业大学食品与生物工程学院郑磊研究员课题组与美国斯坦福大学H. Tom Soh教授开展合作研究。课题组的瞿昊副研究员在前期对双链DNA弯曲弹性力学的研究中发现其在一定范围内可提供皮牛量级的拉伸力(EPL, 2010, 90: 18003; EPL, 2011, 94: 18003; Phys. Rev. X, 2011, 1: 021008),因此巧妙地设计了双链DNA分子力钳来实现核酸适配体分子的拉伸,并建立了简单的延时凝胶电泳方法在平衡状态下测定了核酸适配体的折叠能量。该方法为核酸适配体乃至其他核酸结构的性能表征提供了有力的工具。

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图1. 利用双链DNA分子力钳对核酸适配体进行拉伸,并在平衡态下测量核酸适配体折叠能量的方法示意图

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图2. 该论文的内页封面图
这一成果近期发表于Journal of the American Chemical Society 上,并被选为该期的内页封面文章。瞿昊副研究员为论文第一作者,2018级硕士研究生马启慧为论文第二作者。

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