一种基于ARTIC操作的大规模纳米孔SARS-CoV-2基因组测序技术

来源：核酸检测科学前沿

近日，来自英国Norwich研究院，在预印本杂志BioRxiv发表题为：“CoronaHiT: large scale multiplexing of SARS-CoV-2 genomes using Nanopore sequencing”文章，本文介绍了一种规模化SARS-CoV-2的纳米孔测序新研究，名为：CoronaHiT。

本文亮点：基于之前的报道，SARS-CoV-2的纳米孔测序(JoshQuick 2020）通量只有24个样本，作者利用一种新的转座酶引入接头和基于PCR加条形码技术实现了能够在单张纳米孔芯片上同时对48或94个SARS-CoV-2基因组进行多重测序，同时，作者还对比了CoronaHiT-48/94纳米孔测序技术与Illumina和ARTIC-ONT测序技术的差异比较。

CoronaHiT的一个重要特点是不需要复杂的文库制备。该方法只需要10分钟的标记和30分钟的PCR，在两个步骤中一次对94个文库进行barcode标记，该过程不超过45min。

Coonahit-48、CoronaHiT-94与Illumina和ARTIC-ONT测序相比。当SARS-CoV-2阳性临床标本RNA提取液的循环阈值（Ct）>=32时，所有测序方法都会产生不准确的基因组。由23个具有广泛Cts范围的样本组成的同一组样本的结果表明，Coonahit-48、CoronaHiT-94、Illumina和ARTIC-ONT的一致基因组覆盖率（GISAID标准）分别为78.2%、73.9%、78.2%和73.9%，并且在最大似然树上具有相同的聚类。

总之，CoronaHiT可以在不影响所得到的基因组质量的情况下，对每纳米孔芯片能够提供高达94个SARS-CoV-2基因组的大规模测序，该技术有望推广到全球范围内的SARS-CoV-2基因组测序。