2016年8月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》，要求各地区各部门结合实际认真贯彻落实。然而，在实际工作中，还是存在一些改革措施落实不到位现象，主要表现在三个方面：
一是结余资金处理方式不合理。按照《意见》，科研项目实施期间，年度剩余资金可以结转下一年度继续使用。然而，各级财务部门要求关键时点的预算执行率必须超过95%，如果无法完成，轻则罚款，重则收回拨款。为了完成年度预算执行率，单位财务部门、科研管理部门和科技人员，只能突击使用财政项目经费，严重影响科研项目后续资金需求，造成财政资金浪费。
二是项目资金拨付滞后。《意见》中强调要继续实行部门预算批复前项目资金预拨制度。但实际上，年初申请的项目资金，通常到下半年甚至接近年底才到位，致使承担单位和科技人员无法按预算进度安排支出。
三是项目执行绩效检查过多。《意见》要求各级项目主管部门，加快清理规范对科研项目开展的各种检查评审，减少检查数量，避免重复检查、多头检查、过度检查。然而，项目承担单位和科技人员却仍然需要月月汇报、季季总结，有的绩效统计报告需要向同一主管部门的不同处室重复提供。
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