比较13种不同的CRISPR-Cas9剪刀

来源：生物通

这项研究超过了以往只最多评估三个Cas9系统的报告。新研究比较了13个SpCas9变体，并确定了哪四个核苷酸序列可以用作原间隔区相邻基序（PAM）。

CRISPR-Cas9已成为切割特定DNA序列最方便、最有效的生物技术工具之一。从化脓性链球菌Cas9（SpCas9）开始，世界范围内已经有许多变种被设计并用于实验。尽管所有这些系统都是靶向和切割特定的DNA序列，但它们也表现出相对较高的非靶向活性，具有潜在的有害影响。

由Hyungbum Henry Kim教授领导的基础科学研究所（IBS，韩国）纳米医学中心的研究团队，对CRISPR-Cas9的活性进行了最广泛的高通量分析。研究小组开发了基于深度学习的计算模型，可以预测不同DNA序列的SpCas9变体的活性。这项研究发表在《Nature Biotechnology》杂志上，为选择最合适的SpCas9变体提供了有用的指导。

这项研究超过了以往只最多评估三个Cas9系统的报告。新研究比较了13个SpCas9变体，并确定了哪四个核苷酸序列可以用作原间隔区相邻基序（PAM）。

此外，他们评估了六种不同的高保真SpCas9变体的特异性，发现evoCas9的特异性最高，而原始野生型SpCas9的特异性最低。尽管evoCas9是非常特异的，但它在许多靶序列上也显示出低活性：这些结果暗示，根据DNA靶序列，其他高保真Cas9变体可能是首选。

基于这些结果，IBS研究人员开发了DeepSpCas9variants，一种预测SpCas9变体活性的计算工具。通过访问这个公共网站，用户可以输入所需的DNA目标序列，找出最合适的SpCas9变体，并充分利用CRISPR技。

“我们开始这项研究时，我们注意到在不同的SpCas9变种之间缺乏系统的比较，”Kim说。“现在，研究人员可以使用DeepSpCas9variants，为自己的研究目的选择最合适的SpCas9变体。”

参考文献

Prediction of the sequence-specific cleavage activity of Cas9 variants