推荐阅读文章 | 不同土壤采样设计下土壤表层微生物α多样性的差异分析

微生物学通报

2020年06月24日 07:36

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不同土壤采样设计下土壤表层微生物α多样性的差异分析
孙万龙陈苏铭刘雪华王科朴杨云锋

土壤采样是土壤研究的基础，不同的采样设计会对土壤研究产生不同的影响。本研究对2个不同生境样地的土壤进行网格化采样，通过模拟 5 种常见土壤采样方法，研究不同的土壤采样设计方案对土壤样品16S rRNA基因高通量测序结果的影响。研究结果显示，不同采样方式会产生不同的土壤微生物基因测序结果。细菌物种数会随着采样数的增加而逐渐增长，增长速度会在采样数大于 5 以后趋于平缓；样品中的优势物只需很少的采样数(1-3)即可观察到全部物种；当采样数由1到3时，Shannon-Wiener指数与Simpson指数均有较大增长，之后变化放缓。研究表明，土壤样地采样数量低于3个会影响测序结果的可靠性，采样方案选择梅花形采样法或蛇形采样法较为适宜。

摘要

【背景】土壤采样是土壤研究的基础，采样方案的不同可能会对土壤微生物多样性的研究结果产生一定影响。

【目的】研究不同的土壤采样设计方案对土壤样品16S rRNA基因高通量测序结果的影响。

【方法】对2个不同生境样地的土壤进行网格化采样，对采集的18个土壤样品进行16S rRNA基因测序分析，通过模拟5种常见土壤采样方法，对比不同采样方式所获得的测序结果。

【结果】不同采样方式会产生不同的测序结果。在测序深度有效的情况下，细菌总物种数随着采样数的增加而逐渐增长，增长速度在采样数大于5以后趋于平缓；样品中的优势物种(序列数200以上)只需很少的采样数(1-3)即可观察到全部物种；Shannon-Wiener指数与Simpson指数的变化较相似，当采样数由1到3时两指数均有较大增长，之后变化放缓。

【结论】土壤细菌微生物测序研究中，土壤样地采样数量低于3个会影响测序结果的可靠性，采样方案选择梅花形采样法或蛇形采样法较为适宜。