中国研究团队开发基于表达数据的肿瘤细胞系鉴定方法

来源：中国医学科学院医学信息研究所

癌症细胞系（CCL）是生命科学和医学研究中至关重要和不可缺少的材料。但是，CCL被污染或用错的情况常有发生，导致错误的发现，阻碍相关研究进展。研究领域内已认识到该问题，要求研究者在成果发表前对涉及的CCL进行鉴定，如Nature等多种期刊都要求提供细胞系的鉴定证据。迄今为止，鉴定CCL的方法都是基于DNA多态性信息，如短串联重复序列（STR），还没有可以直接应用基因表达数据鉴定CCL的方法。而开发基于基因表达数据鉴定CCL的方法将可以避免原细胞株无法获取、额外做STR鉴定的时间和费用等弊端，并促进目前大规模的CCL表达谱数据的重利用。

近日,华中科技大学生命科学与技术学院郭安源教授团队在Briefings in Bioinformatics发表了题为CCLA: an accurate method and web server for cancer cell line authentication using gene expression profiles的论文。该研究首次报道了一种基于基因表达谱数据（芯片或转录组）鉴定癌症细胞系的新方法CCLA，并构建了方便易用的网站(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/CCLA/ ) 供研究者使用。

不同的CCL有特异的表达谱信息，可以用于CCL鉴定。基于该想法，郭安源团队从CCL基因表达数据中提取CCL的特征基因集，对CCLE和GDSC数据库中的1291种CCL进行单样本基因集富集分析（ssGSEA），并结合机器学习模型来鉴定CCL。评估结果表明，CCLA方法可快速而准确地对CCL进行鉴定，并有卓越的速度和精度优势，其中芯片和RNA-Seq验证数据（总共719个样本）的准确度分别为96.58％和92.15％。用户可以直接在CCLA网站上提交表达矩阵数据进行鉴定该数据来源的CCL。

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https://academic.oup.com/bib/advance-article-abstract/doi/10.1093/bib/bbaa093/5854406?redirectedFrom=fulltext