【CGM在线沙龙预告】微生物组数据分析与可视化

来源：宏基因组

CGM将于北京时间2020年6月17日周三晚上9点举办第99期在线沙龙活动。本期活动，我们邀请到了中国科学院遗传与发育生物学研究所工程师，刘永鑫博士来做一期题为“微生物组数据分析与可视化” 的学术报告。

Bilibili直播于北京时间周三晚上9点开始。(关注: CGMonline）

Zoom会议ID：605 821 8292。

嘉宾简介

刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农业大学微生物学专业，2014年于中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所任宏基因组学实验室工程师。目前主要研究方向有微生物组数据挖掘、分析方法开发和科学传播。

目前以第一作者(含共同)或微生物组数据分析负责人在Science、Nature Biotechnology、Cell Host & Microbe 等杂志发表论文20余篇，引用1100余次。参与微生物组分析平台QIIME 2开发。受邀以第一作者和/或通讯作者(含共同)在Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology、遗传 等杂志发表微生物组研究方法综述。

2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享本领域相关原创文章1900余篇，代表作品有《微生物组图表解读、分析流程和统计绘图》、《QIIME2中文教程》等系列，关注人数9万+，累计阅读1400万+，2020年6月发起宏基因组中文百科全书计划，欢迎广大同行参与。

内容摘要

近年来高通量测序技术的发展，开发一系列适合微生物组研究的技术，快速推动了微生物组领域的发展并积累了海量数据。而微生物组数据分析过程复杂、软件和方法的种类多样让初涉本领域的同行非常茫然。

本次演讲系统概述了微生物组常用测序技术-扩增子、宏基因组等方法的优缺点，方便同行根据科学问题快速选择合适的研究手段。同时在众种的分析软件中，挑选主流软件整合的分析流程推荐给同行，方便快速实现较优的扩增子和宏基因组分析流程，对并常用软件和数据库进入介绍，方便同行选择和优化特征表。最后介绍基于特征表的微生物组下游通用统计分析和可视化方法，包括多样性、物种种组、网络分析、进化分析、机器学习、来源追溯等方法和常用可视化图表类型，帮助同行看懂图表并选择合适的方析方法和可视化方案。

本文拟通过对当前微生物组主流分析方法的整理和总结，为同领域研究者更方便、灵活的开展数据分析，快速选择研究分析工具，高效挖掘数据背后的生物学意义提供参考，进一步推动微生物组研究在生物学领域的发展。

参考文献：