浙江大学徐建红课题组搭建了首个转座子插入多态性数据库

来源：植物科学最前沿

近日，浙江大学作物所徐建红课题组在植物学权威期刊《Plant Biotechnology Journal》在线发表了题为《RTRIP: A Comprehensive Profile of Transposon Insertion Polymorphisms in Rice》的研究成果，搭建了首个转座子插入多态性数据库，为水稻基因功能研究、分子辅助育种以及品种鉴定等提供了宝贵的遗传变异资源。

转座子广泛地存在于几乎所有的真核生物并在基因组中占较大的比重。尤其在禾本科中，比例可高达90%。作为遗传变异的一个重要来源，它们在很大程度上丰富了生物的遗传多样性，推动着物种的进化。另外，转座子在遗传学研究中也被广泛地用作基因标签和分子标记。它们活跃地跳动可使不同的个体之间出现插入/缺失多态性，也被称为“转座子插入多态性”。一个全面的转座子插入多态性图谱对于基因功能、分子育种以及转座子的生物学研究有着重要的价值。研究人员通过分析“3000 个水稻基因组工程” 产生的基因组重测序数据，鉴定到6万多个转座子插入位点，其中有1.9万多个与基因密切相关。为了方便科研人员更好地检索和使用转座子数据资源，研究团队搭建了“RTRIP”数据库( http://ibi.zju.edu.cn/Rtrip/index.html )。这是第一个致力于转座子介导的遗传多态性的数据库，对于水稻基因功能研究、分子辅助育种以及品种鉴定等是一个宝贵的资源。

浙江大学作物科学研究所刘振博士为该研究第一作者，浙江省微生物所王庭章博士以及浙江大学纳米院王琳博士为共同第一作者，作物科学研究所徐建红教授为该研究通讯作者，江苏省农科院赵涵研究员和浙江正京元大药房连锁有限公司段明华参与了部分工作。